本发明公开了一种冷水鱼类山区流水生态养殖系统，包括进水系统、养殖系统、净化系统和排水系统；所述进水系统包括引水平台、水预处理池，水预处理池与引水平台之间设有进水渠，进水渠上设有拦水坝；所述养殖系统包括养殖池、暂养池、供氧设施，水预处理池与养殖池之间设有出水渠，养殖池内设有拦网；所述净化系统包括设在养殖池出水区的浮床净化区、与养殖池连接的过滤净化池和植物净化区；所述排水系统包括设在养殖池浮床净化区的排水设施、过滤净化池的排水设施和植物净化区的排水设施。本发明可高效利用山区冷浸溪水资源，养殖冷水性名贵鱼类，具有用地面积小、建设成本低、使用周期长、单位面积养殖产量高、产品品质好、排放养殖尾水水质达标等优点。