本发明公开了一种用于高盐难降解有机废水的人工湿地深度净化装置与方法，高盐难降解有机废水的人工湿地深度净化装置包括原水箱和跌水式净化层，原水箱通过进水管和跌水式净化层的顶部连接，跌水式净化层包括填料层，填料层包括铁碳基和生物填料。该用于高盐难降解有机废水的人工湿地深度净化装置与方法采用生物、物理和化学结合的共同作用，一同拦截降低盐度、去除难降解有机物以及脱氮除磷。通过设置跌水式净化层，可以在填料层内进行硝化反应、反硝化反应和除碳除磷作用，能促进降解有机物转化为小分子，而且降解后的有机物能被微生物原位利用。同时，净化装置每月进行排空处理，及时排出脱落的生物膜等，有效的缓解基质堵塞问题。