本发明公开了一种加氢站用活塞式压缩机，包括底座板，底座板的上端面固定有安装块，安装块的上端面开设有凹槽，安装块的侧壁上固定有电机，电机的驱动轴贯穿凹槽并与安装块的侧壁转动连接，底座板的上端面且位于安装块的两侧分别固定有垫块，两个垫块的上端面分别固定有压缩缸，两个压缩缸之间贯穿设置有导气管；本发明通过设置的两个压缩缸、导气管和压缩活塞的配合，使待压缩的氢气通过进气管进入到其中一个压缩缸内后，在压缩活塞的挤压下，对氢气进行初步的压缩，然后另一个压缩缸内的压缩活塞对传输来的经过初步压缩的氢气进行进一步压缩处理，两个压缩缸依次对氢气进行压缩处理，避免氢气在被挤压的过程中，升温过高，造成危险。