本发明涉及智能计费领域，并公开了一种智能计费系统，该系统包括数据接口、基础服务层、业务逻辑层和业务展现层；数据接口，与码头操作系统建立通信连接，接收码头操作系统发送的作业数据；基础服务层，管理预设的计费规则；业务逻辑层，提取数据接口中的作业数据和基础服务层中的计费规则，确定作业数据对应的客户信息，通过作业数据和客户信息确定费率；根据计费规则和费率对作业数据进行计费，得到计费数据，确定计费数据的作业效益并发送至所述业务展示层；根据客户信息和计费数据确定结算数据，对结算数据开票；业务展现层，获取并展现作业效益。本发明还公开了一种智能计费方法和存储介质。本发明提高了计费功能的计费效率和计费准确性。