本发明涉及一种病理石蜡标本归档管理系统，包括：标本扫描装置、控制器、数据处理器、数据管理模块、显示屏以及至少一个存放石蜡的存储柜；存储柜中设置有若干个用于存放石蜡的存储柜抽屉；标本扫描装置包括移动平台和线扫描相机；移动平台根据控制器发送的控制指令使线扫描相机或存储柜抽屉移动；线扫描相机对石蜡进行扫描，数据处理器根据扫描后的图像得到石蜡标识以及石蜡在存储柜抽屉中的位置；数据处理器将石蜡标识以及对应的石蜡在存储柜抽屉中的位置进行关联，将关联后的数据发送至数据管理模块中存储；控制器根据显示屏输入的信息查询石蜡位置，显示屏显示石蜡位置。通过上述系统能够实现病理石蜡标本的快速归档、检索和查阅。