本发明提供一种有底套箱施工系统,其技术方案要点是有底套箱施工系统包括套箱底板、套箱侧板、提吊装置和支撑龙骨装置，所述支撑龙骨装置用于与钢护筒连接并对套箱底板进行支撑，所述套箱底板上方铺设有封底混凝土层，所述套箱底板远离封底混凝土层的一侧设有加劲肋，所述套箱底板靠近封底混凝土层的一侧设有锚筋，所述锚筋穿过套箱底板并与加劲肋连接，且所述锚筋锚固于封底混凝土层内。通过在套箱底板中设置锚筋，锚筋与加劲肋连接，将锚筋锚固在封底混凝土层内，提高套箱底板与封底混凝土层的连接强度，从而提升套箱底板对套箱侧板的支撑强度，防止套箱侧板滑落而发生漏水的现象，提高承台施工安全性。