本发明公开一种拐枣种子收集装置及其收集方法。该收集装置包括：喷淋装置，用于将拐枣果肉上的种子柄软化，通过控制所述喷淋装置的水流大小以及水的温度，对种子柄进行软化的同时使拐枣果肉具有一定的硬度；搅拌装置，用于将所述喷淋装置软化后的种子柄从拐枣果肉上打落，使种子部分与拐枣果肉分离；脱皮装置，用于将打落的种子部分的种子皮与种子分离，拐枣的种子皮经过所述喷淋装置得到软化后，经过所述脱皮装置反复摩擦，使种子皮脱落下来，进而与拐枣种子分离。本发明能将拐枣种子从拐枣果实中分离出来，在分离的同时不会对种子造成损害；具有效率高、效果好、成本低的特点，解决了拐枣产业化过程中拐枣种子得不到有效收集利用的问题。