本发明属于中药领域，涉及一种复方双花制剂的制备方法及应用，包括：以金银花为原料提取挥发油，并进行包合，得到挥发油包合物；将金银花提取挥发油后的残渣采用煎煮法进行提取，浓缩，得到金银花稠膏；将穿心莲，连翘、板蓝采用煎煮法进行提取，浓缩，得到稠膏；将所述穿心莲稠膏，连翘、板蓝根稠膏混合均匀，进行醇沉，得到混合稠膏；将混合稠膏与金银花稠膏混合均匀，再加入所述挥发油包合物，混合均匀，得到复方双花中药组合物；将复方双花中药组合物制成中药制剂。通过对金银花、穿心莲单独提取，醇沉后采用β‑环糊精包合，既可以保证绿原酸类和穿心莲内酯类的稳定性，又可以有效的掩盖其苦味，提升口感。