本发明属于土壤修复技术领域，具体涉及一种土壤深层阻隔修复技术及其应用。本发明提供了一种土壤深层阻隔修复技术，包括以下步骤，在待修复土壤上，按预设深度注入碳酸盐矿化菌菌液和钙离子溶液，形成阻隔层。本发明通过分别将碳酸盐矿化菌菌液和钙离子溶液在指定深层土壤中水平注射，使微生物在深层土壤中合成碳酸钙，从而形成渗透系数极低的致密碳酸钙隔层，有效阻隔下层高盐地下水向上迁移，进而维持表层土壤的低盐状态。本发明在土壤指定深度仅通过注入液态材料即可建造横向阻隔层，无需开挖，成本更低，操作更简便，阻隔后可长期维持地表土不被盐碱化。