本发明属于光氧化聚合领域，特别涉及一种过氧化全氟聚醚的制备方法及装置。本发明的制备方法包括将溶剂预冷后与全氟烯烃混合得到预混液，将预混液与氧气快速混合后通入反应器内进行光氧化聚合反应，缩短了全氟烯烃与氧气在无紫外光照条件下的接触时间，减少了高过氧化副产物的生成，降低了潜在的爆炸风险；本发明中所采用的预混装置成本较低，反应器冷阱夹套内通入惰性气体，解决了低温下冷阱内壁易结霜的问题，提高了紫外光利用率；采用膜分离器对溶剂和产物直接进行分离，不需将溶剂经过液化和气化的相变过程，实现了节约能耗、降低成本的技术效果。