本发明公开了一种用于预测亲本配合力和杂交种表型的玉米全基因组液相育种芯片。本发明依据黄淮海代表性种质全基因组重测序、转录组测序等数据，设计选择策略，选择杂种优势相关位点，获得一组用于预测亲本配合力和杂交种表型的玉米全基因组SNP探针组合，该探针组合包含283个探针，由如SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：283所示的探针组成。利用筛选的SNP探针组合基于液相探针杂交捕获技术制作SNP芯片。该育种芯片覆盖玉米10条染色体上，其中143个SNP位点与杂种优势相关，可用于对亲本配合力和杂交种表型进行全基因组预测分析。本发明所筛选的283个探针组合用于对亲本配合力和杂交种表型进行全基因组预测分析，更加精准实用效率更高、成本更低，将会加快玉米优良新品种的选育进程。