本发明提供了一种医学图像处理系统及方法，该系统包括：图像重建模块、代谢识别模块以及显示模块；图像重建模块用于对扫描数据进行图像重建，生成重建图像序列；代谢识别模块用于基于代谢识别模型对所述重建图像序列进行代谢识别，生成代谢图像序列；显示模块用于将所述代谢图像序列进行显示。本发明在生成重建图像序列之后，对重建图像序列进行代谢识别，生成代谢图像序列，无需将图像重建序列加载至其他应用界面中，节省了生成代谢图像序列的过程，提高了代谢图像序列的生成速度。并且，基于代谢识别模型对重建图像序列进行代谢识别，无需医生人工阅片，提高了医学图像处理系统的智能性，并提高了代谢图像序列的准确性和可靠性。