本发明公开了一种多层多功能聚吡咯复合防护涂层、制备方法及应用。多层多功能聚吡咯复合防护涂层包括至少两层聚吡咯膜，附着于金属基体上的第一层聚吡咯膜，附着于所述第一层聚吡咯膜上的第二层聚吡咯膜；第一层聚吡咯膜中掺杂第一阴离子掺杂剂，第二层聚吡咯膜中掺杂第二阴离子掺杂剂，第一阴离子掺杂剂用于提高聚吡咯膜与基体金属的附着力和致密度，第二阴离子掺杂剂难以从聚吡咯的主链上脱离，用于阻断腐蚀性离子进入聚吡咯发生离子交换，提高聚吡咯膜的稳定性。本发明的涂层致密均匀，既能有效提高涂层的结合力，又能阻隔外界溶液与金属基体的接触，大大提高了金属的稳定性和耐蚀能力；还可根据需求实现不同功能化，拓宽防护涂层的应用范围。