本发明提供了一种改性苯并噁嗪树脂及其制备方法。该制备方法包括：使酚源与9,10‑二氢‑9‑氧杂‑10‑磷杂菲‑10‑氧化物在第一溶剂中进行第一加成反应，得到改性酚源；使烷基丙烯酸封端聚苯醚与胺类化合物在第二溶剂中进行第二加成反应，得到氨基封端聚苯醚；胺类化合物中含有至少两个氨基基团；使改性酚源、氨基封端聚苯醚与醛类化合物在第三溶剂中进行曼尼希反应，得到改性苯并噁嗪单体；使改性苯并噁嗪单体进行聚合反应，得到改性苯并噁嗪树脂。相比于未改性的苯并噁嗪树脂，改性苯并噁嗪单体经聚合反应后得到的改性苯并噁嗪树脂兼具更优良的阻燃性和韧性。