本发明涉及在基于MRI的过程期间控制呼吸。主动呼吸控制（ABC）装置的阀可以由MRI扫描仪的导航器信道的输出（或者另一快速采集输出）来驱动，而不是由来自测量出的呼吸流速的推断来驱动。这具有如下优点：MRI输出可以产生隔膜位置或者肿瘤位置的第一手测量。从呼吸速度描记器获得的计算出的肺活量由于多种原因而经受随着时间漂移，因此对身体结构的直接测量将更加可靠。在MRI扫描仪与放射疗法装置集成一体的情况下，MRI数据可以用于触发由所述ABC执行的强制屏气、以及在所述ABC阀关闭的同时给予的放射疗法。如果所述MRI数据与所述肿瘤的实际位置有关，则所述ABC装置（实际上）会将所述肿瘤保持在精确且可再生点处以进行治疗。