本发明公开一种电芯清洗系统，包括托盘、取放机构、承托台、清洗机、除水设备及转移机械手。清洗机、除水设备及承托台位于转移机械手的侧旁，转移机械手将承托台上的托盘连同该托盘上的电芯一起依次转移至清洗机和除水设备后再回转至承托台；托盘包含托盘基体、第一压紧组件、第二压紧组件、主气管接头及底座；取放机构包含构架体、拉动装置及对接气管体；底座开设有腔口朝上并与主气管接头连通的气腔，拉动装置在机构架体承托托盘基体时驱使第一压紧组件和第二压紧组件共同向下压紧所述电芯，主气管接头在第一压紧组件压紧电芯的过程中与对接气管体对接连通；以实现电芯清洗自动化去提高效率，同时，还有效地防止电芯在清洗中意外进水。