本发明涉及医疗器械技术领域，具体涉及一种多光谱内窥镜图像处理方法及系统。该系统包括：调制光源、导光束、图像传感器、图像处理器；调制光源包括：多个光源；多个合光棱镜，其中，所述多个合光棱镜中的第一合光棱镜用于将第一光源发出的光线反射至所述多个合光棱镜中的第二合光棱镜，所述第二合光棱镜用于将所述第一光源发出的光线反射至所述导光光束，且第二光源发送的光线透过所述第二合光棱镜并传播至所述导光光束；所述导光束用于将来自所述第二合光棱镜的光线传输至被测目标；所述图像传感器用于采集来自所述被测目标的光线；所述图像处理器用于根据所述图像传感器采集的光线，生成图像。