本发明实施例提供了一种协议格式的处理方法及系统，该方法包括：获取采集设备的数据文件；将所述数据文件的当前特征与特征库中的历史特征进行比较，所述特征库为历史数据文件对应的协议格式以及与其相对应的历史特征的集合；根据比较结果，确定所述采集设备的协议格式。降低了终端用户与设备方沟通成本，对历史遗留的未知协议文件进行解析利用，解决了对于采集设备版本更迭造成配套协议无法一一对应从而导致数据资源浪费的问题，通过合理的协议格式的处理方法，实现了对协议格式的计算并且动态更新特征库，优化了系统性能。