本公开提供了一种组学数据处理方法、装置、电子设备和存储介质，涉及人工智能技术领域，具体为深度学习、智能医疗技术领域。具体实现方案为：获取组学数据，所述组学数据中包括多个基因；确定多个所述基因之间的关联关系；根据所述组学数据中的多个所述基因的表达量，以及所述关联关系，确定图数据；基于所述图数据，确定所述组学数据的特征，以根据所述组学数据的特征执行所述组学数据的目标任务。由此，能够获取精准的组学数据的低维表示，进而提高癌症分型的分类任务、个体生存分析任务等下游的目标任务的准确性。