本申请公开了一种应收应付自动核销处理方法、装置及计算机可读存储介质，通过接收单据的应付核销请求或应收核销请求，根据单据信息中的付款对象或收款对象，获取相应的银行流水单记录，再进行流水单确认或认领后，将单据信息中的未核销金额与确定的银行流水单的未使用金额进行自动核销，并且更新未使用金额信息，实现了一份流水单核销多份单据，同时避免了金额的错误，解决了随着单据的数据量的增多，且同一个客户通过多个不同的银行账户进行付款或收款的情况出现，由人工进行一一比对核销造成的重复核销，单据搜索困难，出现问题以后查找原因不便的技术问题。