本发明公开了工程型钢构组合式底泥脱水系统及其脱水工艺，包括从左至右依次组合对接而成的药剂箱、浓缩罐、清水池、沉淀池和主机基础平台，所述主机基础平台的上方安装有封闭式脱水主机，所述浓缩罐和封闭式脱水主机之间设置有调理反应装置，所述药剂箱通过PVC给水管和泵分别与浓缩罐、清水池、沉淀池和调理反应装置形成泡药加药系统，所述浓缩罐的上端安装有旋流套筒。本发明中，由多个小型模块组合构成，可以灵活地利用狭窄、分散的场地，通过活接管道快速进行系统连接，并就地展开作业，解决水环境整治工程中场地紧缺、狭小的问题，同时可以减少场地建设成本、缩减工期、减少对临时用地和周边生态的破坏、减少撤场时产生的固废。