本发明涉及医疗器械领域，尤其是一种粪便样本采集装置，包括管本体、管盖和取样器；管本体内部设置混匀腔，管本体顶部设置开口；管盖设置在管本体顶部的开口上；取样器的上部设置在管盖上，取样器的下部伸入混匀腔内；混匀腔底部设置有过滤装置，过滤装置的下方设置与管本体外部连通的导流口，导流口底部设置有封闭导流口的封闭装置；管盖上设置有纵向贯穿的安装口，取样器包括轴头、连接杆和取样部，轴头位于取样器的上部，轴头转动设置在安装口内，轴头的上端设置接口，接口上可拆卸连接有堵头；连接杆设置在轴头的下方，连接杆上设置有通气通道，通气通道的上端与接口连通，通气通道的下端位于混匀腔内。该采集装置便于搅拌操作的进行。