本发明提供了一种针对电动汽车高压直流充电的电机角度控制系统及方法，电机角度控制系统包括充电电路及控制模块，控制模块离线标定电机的第一相的第一纹波、第二相的第二纹波和第三相的第三纹波，并确定形成第一纹波、第二纹波和第三纹波的最小和时的最优角度；当电动汽车制动直至车速为0时，控制模块读取电机的当前角度，计算当前角度与最优角度的差值，形成补偿指令；控制模块发送补偿指令至电机控制器，电机控制器根据电机角度与车轮转轴角度间的比例关系，控制电机转动至最优角度，并控制电动汽车的车轮转动一微小位移，以实现针对电机的0扭矩。采用上述技术方案后，以最优充电性能下电机电角度位置为参考实现停车充电时的最优充电过程。