本发明提供了一种永磁同步电机的控制方法、系统及电机控制器，本发明的控制方法包括车辆正常行驶过程中，在永磁同步电机的当前运行模式、当前转速、当前直轴电流指令值和反馈值、当前交轴电流指令值和反馈值同时满足预设条件时，获取永磁同步电机的当前直轴电压和当前交轴电压，根据获取的永磁同步电机的当前直轴电压和当前交轴电压，计算永磁同步电机的零位偏差值，对计算的永磁同步电机的零位偏差值进行滤波处理，以及确定永磁同步电机是否存在电机零位偏差故障，和根据滤波后的电机零位偏差值进行永磁同步电机零位偏差的校正。本发明的控制方法能够在车辆正常行驶过程中，进行永磁同步电机零位偏差故障的判断及校正，能够保证电机控制性能。