本发明公开了一种区块链升级时数据兼容的方法和系统，方法包括以下步骤：历史版本的区块链系统在升级时将历史版本的链上数据导出，并将历史版本的用户接口模块和执行器剥离，兼容改造成为历史版本用户接口兼容服务和历史版本执行器兼容服务，并部署当前版本的区块链系统；用户将交易发送给历史版本用户接口兼容服务，当历史版本用户接口兼容服务收到交易时，将其作为存证数据，添加表示是历史版本的特殊标记；并组装成当前版本的交易，发送至当前版本区块链系统中；历史版本执行器兼容服务监听当前版本区块链系统，当发现有表示历史版本的特殊标记的交易后，执行该交易，并将执行结果保存，同时当前版本区块链中也将执行结果作为存证数据保存。