本发明提供了一种出生缺陷防治网络管理系统及方法，涉及计算机技术领域。包括：妇幼信息平台，所述妇幼信息平台基于来自基层妇幼保健机构服务器、第一二级以上妇幼保健服务器以及第二二级以上妇幼保健服务器的数据建立；出生缺陷业务系统及数据库，用于基于来自妇幼信息平台、实验室以及其他平台针对出生缺陷的筛查数据、诊断数据以及防治数据等进行数据存储以及分析；出生缺陷防治平台，包括出生缺陷综合干预协作网络、患者终端以及医生终端。实现了医院与医院之间、医生与医生之间、医生与患者之间的医疗数据无法共享互通，区域性的出生缺陷防治中心还都没有发挥预期的作用。创新性提出saas平台联通各医院数据，形成跨院档案。