本发明提供了一种跳频通信方法及系统，方法包括：参数设置步骤：开启电台网控模式，设置主台身份号，次主台身份号和从台身份号，其中，所有电台的表号设为相同的；同步发起步骤：主台发起同步，为全网提供同步时钟；勤务同步步骤：同步完成后，每隔第一预设时间发送勤务同步流程，以维持同步状态；组网步骤：将不同从台依次与主台进行组网；网内及网间通信步骤：根据网号区分成不同子网，子网内部可通信，分属不同子网的两部电台不可互相直接通信，需要经过次主台连接通控器进行转发，完成组网。与现有技术相比，本发明通过加入次主台的方式，提高了组网的通信距离和安全性。