本申请属于飞行控制系统设计领域，特别涉及一种襟翼极限位置保护系统及方法。包括：襟翼动力驱动装置、襟翼位置传感器、输出轴位置传感器以及襟翼控制计算机。襟翼动力驱动装置通过襟翼作动线系与襟翼连接，用于带动襟翼舵面按预设的轨迹偏转；襟翼位置传感器设置在襟翼的翼尖上，用于获取襟翼的第一角度，襟翼位置传感器配置有齿轮减速机构；输出轴位置传感器设置在襟翼动力驱动装置的输出轴上，用于获取襟翼动力驱动装置的输出轴的第二角度；襟翼控制计算机设置在设备舱，用于根据第一角度以及第二角度实现对襟翼动力驱动装置的控制。本申请可实现襟翼正常保护功能失效时的极限位置保护，防止襟翼超行程运动，威胁飞行安全。