本申请公开了一种生物信息分析方法及装置、电子设备及存储介质。所述生物信息分析方法可包括：将所述第一基因测序数据与第一类基因库中的基因序列进行对比，过滤掉去除第一基因测序数据中包含在第一类基因库中的测序数据，得到第一生物信息；将第二基因测序数据与第二类基因库包含的基因序列对比，过滤掉去除第二基因测序数据中包含在第二类基因库中测序数据，得到第二生物信息；交叉比对所述第一生物信息和所述第二生物信息，过滤掉包含所述第一生物信息和第二生物信息中的相同测试数据内容的不同测试数据值，得到第三生物信息；根据所述第三生物信息，输出所述病原的种属计数的统计结果。