本发明公开了一种适用于太空微重力环境的动物排泄物收集系统，所述系统运行在微重力环境中，包括：动物培养箱、吸气风扇和过滤装置；所述过滤装置设置在所述动物培养箱和所述吸气风扇之间；当所述吸气风扇处于工作状态时，位于所述动物培养箱中的动物排泄物在所述吸气风扇所产生的气流的作用下，从所述动物培养箱向所述吸气风扇运动，并被拦截在所述过滤装置上。在本发明中，通过过滤装置与吸气风扇，净化在太空微重力环境中因为饲养动物所产生的排泄物，从而实现了在太空微重力环境下的废物收集。