本申请公开了一种确定基因型的方法及装置，所述方法包括：首先，将核酸质谱图中质谱峰按照位点分子量分成若干位点单元；每个位点单元包括引物质谱峰和至少一个样本质谱峰；其次，针对位点单元中任一样本质谱峰：将样本质谱峰按照钟形曲线进行拟合，得到拟合函数数据，并从拟合函数数据中获取样本质谱峰的特征值，特征值为峰高、峰面积或者信噪比；基于拟合函数数据确定样本质谱峰的有效性参数；若有效性参数满足有效性阈值，则确定样本质谱峰为等位基因峰；最后，基于位点单元中等位基因峰对应的位点分子量以及特征值，确定位点单元的基因型。由此能够基于核酸质谱图以及位点分子量自动确定位点单元的基因型，提高了基因型分析的准确性。