本发明属于地质图标生成技术领域，具体提供一种基于模板和规则定制的地质专题图表生成方法及系统，其中方法包括：S1，采用完全面向对象的方法进行地质图表生成，并基于MapGIS 2D GIS平台实现柱状图的图形显示、编辑和要素存储；所述地质图表包括钻孔形成的柱状图和/或剖面图；S2，采用定制方式，编辑制作不同类所对应的地质图表的样式，形成标准模板并保存下来，后续再生成地质图表时根据数据库中的钻孔数据和所选择的模板自动生成地质图表。该方案具有实时由数据库生成、出图样式允许用户任意的自定义、编辑修改灵活方便的特点，最大程度上满足了图件在各种场合使用的要求。实现了用户数据获取手段和成果图件表现手段各自独立。