本发明公开了谷物分类自动控制输送系统和控制方法，该输送系统包括浸没池、第一温度区、筛选池、第二温度区和输送带，所述输送带依次经过浸没池、第一温度区、筛选池、第二温度区；所述浸没池中具有常温下呈固态的液体一；所述第一温度区具有使液体一从液态转变为固态的第一温度；所述筛选池中具有液体二，该液体二的密度大于液体一；所述第二温度区具有使液体一从固态液转变为态的第二温度。本发明可以避免基于重力因素分离因谷物颗粒大小差异导致的分离效果差的问题，同时由于采用的填充物一方面可以基于温度控制发生明显的物理状态变化，进而有利于其填充稳定性及分离时的便捷性，还基于该液体一自身的物理性质进一步实现有效的分离。