本发明提供一种载玻片处理装置，包括载玻片运送部，用于沿第二方向向载玻片取出位运送载玻片，染色部，用于对来自所述载玻片取出位的载玻片进行染色处理，收纳器具运送部，用于沿所述第二方向将用于收纳经所述染色部进行染色处理的载玻片的收纳器具运送至载玻片收纳位，其中，所述染色部具有对所述载玻片执行不同染色处理的复数个染色处理区，所述载玻片取出位、复数个染色处理区和载玻片收纳位沿着与所述第二方向正交的第一方向布局，每个所述染色处理区均具有复数个沿着所述第二方向布局的能够安置一片载玻片的玻片安置位。这种结构的载玻片处理装置体积小，且方便用户操作，且不易出错。