本发明公开了利用胶囊包埋微生物与复合功能性矿物联合治理黑臭内河的方法，在水体底部淤泥上铺设一层复合功能性矿物，在复合功能性矿物上投加胶囊包埋微生物，再在胶囊上覆盖一层净水复合功能性矿物。本发明以复合功能性矿物为载体，将微生物以胶囊形式固定在复合功能性矿物中，解决了微生物在黑臭水体治理中固定化的问题，提高微生物净化效率，通过复合功能性矿物与胶囊包埋微生物协同作用，降低水中氮磷及金属盐浓度，且原位固化无需清淤，达到长期净化水体的效果。