本发明公开了一种肝素钠多级粉碎处理用筛分装置及其加工方法，涉及肝素钠加工技术领域，为解决现有技术中的目前在肝素钠粉碎加工后，粉体颗粒大小不一，影响肝素钠的生产质量的问题。所述安装平台的上方安装有筛分箱，所述筛分箱的内部安装有筛分筒，所述筛分筒的内部安装有内套筒，且筛分筒与内套筒转动连接，所述筛分筒和内套筒之间设置有细料腔，所述内套筒的内部安装有滤料环网，所述内套筒的内部设置有转辊，且转辊与筛分箱转动连接，所述转辊的外侧安装有螺旋叶片，所述转辊的外侧沿螺旋叶片的上方和下方均设置有支撑架，且转辊和内套筒均与支撑架固定连接。