本申请实施例提供一种网站文件保护方法、装置及系统，其中网站文件保护方法包括：创建源虚拟磁盘以及源虚拟磁盘对应的虚拟镜像磁盘；将目标网站发布的目标文件保存到源虚拟磁盘中，并对虚拟镜像磁盘对应的镜像文件进行更新，获取第一镜像文件；将第一镜像文件以只读模式挂载到目标服务器上，以使目标文件允许访问、不允许修改，目标服务器为目标网站对应的服务器。本申请通过将目标网站发布的目标文件保存到源虚拟磁盘，并同步更新到虚拟镜像磁盘得到第一镜像文件，再以只读模式将第一镜像文件挂载到目标服务器上，由于只读模式的设置使得目标文件允许访问、不允许修改，可以避免目标文件被篡改的情况发生，提升目标文件的安全性。