本发明提供一种液流储能系统的停机保护系统和方法，该停机保护系统包括：正向流路装置，包括进罐管路和出罐管路；逆向流路装置，包括逆向管路；控制器，可在液流储能系统运行时，控制液流储能系统的电解液在电堆组和电解液储罐之间作正向循环，在液流储能系统接收到停机信号时，控制电堆组中的电解液逆向回流至电解液储罐；正向循环对应的电解液流向为从电解液储罐通过出罐管路流向电堆组，再通过进罐管路从电堆组流向所述电解液储罐；逆向回流对应的电解液流向为从电堆组通过逆向管路回流至电解液储罐。本发明的技术方案通过将液流储能系统停机时存留在电堆组中的电解液抽回，避免电堆内产生自放电现象，提高了电堆的寿命和储能系统的可靠性。