本发明涉及家畜选配技术领域，具体涉及一种用于生猪的选配系统及方法，其中系统包括：数据输入模块，用于输入选配所需的原始数据；文件配置模块，用于配置育种综合选择指数；参数设置模块，用于设置选配数量和选配标准；数据处理模块，用于根据原始数据、育种综合选择指数、选配数量和选配标准，在待选母猪中选定候选母猪，并按照育种综合选择指数由高到低对候选母猪进行排序，在待选公猪中选定候选公猪，并按照育种综合选择指数由高到低对候选公猪进行排序，在候选公猪的排序中根据近交系数阈值确定相应的最佳可配公猪，得到选配结果；数据输出模块，用于输出选配结果。本发明解决了现有技术精准性低、无法标准化的技术问题。