本公开提供了一种微流控芯片检测卡盒，包括：板体组件，板体组件包括在垂直于该板体组件的预定方向上分层设置的第一层样本流道和第二层样本流道、位于第一层样本流道和第二层样本流道之间的连通通道、及连通至连通通道上的负压通道；及微流控芯片，微流控芯片包括微孔阵列，微流控芯片设置在连通通道内且将连通通道在预定方向上分割出第一层腔室和第二层腔室，第一层腔室与第二层腔室之间通过微孔阵列相通，其中第一层样本流道和负压通道连通至第一层腔室，第二层样本流道连通至第二层腔室。本公开提供的微流控芯片检测卡盒，能够提升样本在微孔中分配均匀性，且使流体操作可在密闭空间内进行，避免污染。