本发明公开了一种永磁电机匝间短路故障在线检测方法，涉及永磁电机的故障检测领域。本发明主要针永磁同步电机发生匝短时在线进行故障诊断，首先推导匝短故障数学模型及故障发生后产生的特征量，其中最直接特征量是短路电流以及故障时电压扰动量，实际匝短环路电流和故障电压扰动量无法直接测量，通过构造状态观测器提取电压扰动量。整个系统由三部分构成，分别是基于LESO电压扰动量观测模块、故障特征提取算法模块和故障诊断方法模块。本发明克服了背景技术中多个专利申请的计算缺陷，可以在现有TCU控制装置上实现在线计算，当电机发生匝间短路时能够进行实时保护，提高系统安全性；保证了电机匝间短路故障诊断的实时性和可靠性。