本发明公开了一种番鸭的选育方法，所述方法包括选择番鸭公鸭和母鸭选育标准；建立番鸭新品系生物技术辅助育种体系；根据所述生物技术辅助育种体系和选育标准对番鸭进行选育。本发明以生长速率、产肉率、繁殖等性状为主选性状，在开展选育的同时结合分子标记辅助育种，将基因分子标记应用于番鸭新品系选育中，解决了品系选育进展慢、常规选择无法剔除隐性性状的问题，提高了番鸭核心群的供种能力和鸭肉品质和饲料转化效率，也为育种企业提供先进的育种技术。本发明选育的番鸭符合市场需求，适合于集约化生产模式的番鸭推广应用。