本发明涉及一种燃料电池发动机系统耐久性试验方法，包括以下步骤：准备燃料电池发动机系统试验台架；对燃料电池发动机系统进行性能初试，获得性能初试结果；燃料电池发动机系统按照耐久性工况运行至设计循环寿命，耐久性工况包括启停工况和负载工况；对燃料电池发动机系统进行性能复试，获得性能复试结果，对比性能复试结果和性能初试结果获得燃料电池发动机系统的衰减情况，将燃料电池发动机系统的衰减情况作为燃料电池发动机系统耐久性能的评价结果。本发明基于用户实际使用工况和整车实际运行的路况，开发了燃料电池发动机系统耐久性试验方法，该实验方法能真实的反映用户实际使用情况，可更准确地评价燃料电池发动机系统的使用寿命。