本公开涉及一种载波配置方法、装置、分布式天线系统及存储介质，所述方法应用于分布式天线系统的远端，远端包括多个光口，本公开的方案，通过至少一个光口接收分布式天线系统的近端下发的载波及对应的载波配置信息，载波配置信息包括天线载波标识、载波带宽、频段、中心频点和通道标识；获取与天线载波标识对应的数据帧；根据载波带宽和预设的数字上变频模块设计表，确定目标数字上变频模块；基于目标数字上变频模块、中心频点和数据帧，对载波进行处理；将处理后的载波映射到与频段和通道标识对应的目标频段天线，多光纤的传输使得每根光纤传输的载波数量和带宽可灵活配置，实现了不同频段的载波路由到对应天线，实现多光口多载波信号传输。