本发明公开了一种城市地下全要素信息组织与集成管理方法、系统和介质，获取地下全要素信息，对所述地下全要素信息按照探测方式和存储形式进行分类组织；根据所述地下全要素信息与要素实体的关联和约束条件构建信息语义表达模型，为搭建地下全要素信息和要素实体三维模型和进行地下空间开发适宜性三维评价提供支撑，便于地下生产开发的指挥；为所述地下全要素信息和所述信息语义表达模型设计存储结构表；为所述存储结构表设计关系型数据库的原生索引和空间索引，所述关系型数据库用于对所述地下全要素信息的查找，对于信息的索引也十分便捷；使用全要素集成管理系统对所述地下全要素信息进行集成一体化管理，便于对地下全要素信息的持续管理和更新。