本发明公开了一种基于北斗短报文通信的水雨情监测系统及其通信方法，水雨情监测系统包括水文采集模块、遥测终端机、北斗用户端、移动通信网络系统、用于北斗数据电文接收处理的北斗接收服务器，以及用于接收北斗接收服务器转发的水文监测数据报文的中心站接收平台；所述北斗用户端包括北斗用户发送端和北斗用户接收端；所述北斗卫星通信系统包括北斗卫星、北斗地面站；所述移动通信网络系统，北斗地面站与北斗卫星民用运营中心、北斗卫星民用运营中心与北斗接收服务器、以及北斗接收服务器与中心站接收平台之间的数据交互。本发明通过两种通信方式的结合提升北斗通信在水文数据监测方面的可靠性，避免通信中断时无法实时水雨情监测。