本发明公开了一种检测不同盐分对地下水盐分影响的方法，属于水环境及生态保护技术领域，包括如下步骤：将钻孔沿纵向在地下水盐分待测区域不同深度均匀分布，并通过钻孔取样，得到待测区水文数据和孔隙盐分测试数据；建立待测区域水文地质结构模型、水分运移模型和盐分运移模型；确定水分运移模型的参数和盐分运移模型的参数；分别添加不同盐分的液体至水文地质结构模型，利用水分运移模型和盐分运移模型，得到待测区地下水不同深度中Na⁺、K⁺、Ca⁺、Mg⁺、Cl⁺、SO₄⁺和HCO₃⁺的浓度；本发明解决了解耦待测区不同盐分对不同深度地下水盐分分布和离子影响的问题。