本发明公开了一种煤矿夹矸煤层的分层开采方法，包括：控制采煤机沿开采方向前进并对煤壁斜切进刀，使得截割部分别进入上部煤层和下部煤层；控制截割部升降至适当高度，以只能够截割上部煤层和下部煤层中的煤，采煤机继续前进直到到达预定位置，在采煤机过机后，使得刮板输送机朝向煤壁的方向移动一个步距，并将相应的溜槽调整为弯曲段，控制液压支架推伸缩杆及时支护煤壁的顶部；控制采煤机掉头回采，以截割之前的夹矸层；控制采煤机持续回采，直至到达初始开采位置。由此，煤壁中的煤与矸是分两次先后截割开采的，采煤机截割夹矸层时的截割阻力变小，故障率大大降低，提高设备使用可靠性；煤与矸能够能够先后分别运走，可以提高分选效率。