本发明提出了一种提升ATE设备中FPGA在线升级效率的升级方法及系统，方法包括：获取待升级FPGA地址以及版本数据；解析出所有Flash地址和待写入版本数据；寻址Flash地址对应的所有Flash，将版本数据分别写入到每个Flash中；通过读取每个Flash中的写入数据，并与版本数据进行数据对比，以判断每个Flash是否通过数据校验；若某个Flash通过数据校验，则相应的FPGA从该Flash中加载数据，完成在线升级。本发明将FPGA的版本数据通过并行的方式写入到Flash中，实现了多个Flash同时写入，大幅缩短版本数据下载到Flash的时间，极大提高了ATE设备在FPGA在线升级上的效率。同时优化了数据校验的方法，大大缩减了数据读取和数据对比的数据，在减少数据传输量的同时，提升了数据校验效率。