本发明公开了一种燃料电池停机吹扫时氢气回收再利用系统及其方法、车辆，步骤包括：燃料电池系统控制器监测燃料电池系统是否进入停机吹扫模式，若是，向电子三通阀发出吹扫工作模式请求；电子三通阀工作模式转为吹扫工作模式后，计算得到氢气循环泵的工作转速，并作为目标工作转速发送给氢气循环泵；氢气循环泵工作；在氢气循环泵工作期间，判断氢气实际进堆流量是否大于等于氢气进堆流量请求值，若是，燃料电池系统控制器判断电堆实时交流阻抗值是否大于设定值，若是，电子三通阀工作模式置为正常工作模式，氢气循环泵停止工作，本次停机吹扫过程结束。该方法提高了氢气利用率和燃料电池系统安全性，有效降低了停机吹扫过程消耗的能量。